Федеральная таможенная служба назвала «популистским преувеличением, не основанным на достоверной методике расчета» оценку ученых Института проблем рынка РАН, согласно которой в 2013 году бюджет России недополучил от ФТС $40 млрд.  

Как отметили в ФТС, методика РАН является неполной, так как не учитывает ряд факторов. Она «не содержит новых идей и подходов к проведению расчетов, не учитывает логистики доставки товаров (часто не совпадают страна-экспортер и страна происхождения товаров)». Такие расчеты в результате влияют на возникновение недоимки по результатам работы ФТС.

В свою очередь, один из авторов методики РАН – руководитель Института проблем рынка РАН Валерий Цветков – подтвердил, что перечисленные таможней факторы действительно не учитывались при расчетах. Однако, по словам Цветкова, представители ФТС на заседании рабочей группы не предъявляли никаких претензий.

Президент Экспертно-аналитического центра по модернизации экономики Александр Чуев, также работавший над методикой РАН,утверждает, что частично предложения ФТС были учтены. В частности, в расчетах применялись данные МВФ, а также учитывался поправочный коэффициент.